Zastava s ljiljanima bila je službena zastava Republike Bosne i Hercegovine od 4. svibnja 1992. do 4. veljače 1998. godine. Usvojena je nakon proglašenja neovisnosti Bosne i Hercegovine te je predstavljala državu u razdoblju međunarodnog priznanja.
Njezin izgled temeljio se na grbu srednjovjekovne dinastije Kotromanića. Sastojala se od plave podloge, bijele dijagonalne trake i šest zlatnih ljiljana, motiva preuzetog iz srednjovjekovne heraldike.
Nakon Daytonskog mirovnog sporazuma nije postignut politički dogovor o trajnim državnim obilježjima. Zbog toga je visoki predstavnik Carlos Westendorp 4. veljače 1998. godine donio odluku kojom je uvedena sadašnja zastava Bosne i Hercegovine.
Time je zastava s ljiljanima prestala biti službena državna zastava BiH. Danas se ne može koristiti kao službena zastava državnih institucija jer važeći ustavni i zakonski okvir priznaje isključivo sadašnju zastavu Bosne i Hercegovine.
Povijesno gledano, zastava s ljiljanima bila je u službenoj uporabi manje od šest godina. Ostala je dio jednog razdoblja moderne povijesti Bosne i Hercegovine, dok je od 1998. godine jedina službena državna zastava ona koja je i danas na snazi.
